元阳县感染科成立于2006年3月，在医院领导的关心支持下，依托医院发展的平台，科室经过13年的建设发展，拥有一幢独立的三层楼房，通过不断选派医护人员到蒙自州医院、建水州二院、昆明关爱中心、上海市公共卫生中心、广州市第八人民医院、省内外医院进修及每年多人次的省内外短期学习，人员业务素质得到了明显提高。

感染科目前设有感染科门诊、发热门诊、肠道门诊、结核门诊、艾滋病门诊，现开放病床67张，分为肝病加其他感染病组、结核病组、艾滋病组三个亚专业组，正按照肝病加其他感染性疾病组、结核病、艾滋病、腹水回输治疗系统组五个亚专业组的方向进一步发展。目前结核病组能开展结核性脑膜炎、肺结核并咯血、儿童结核治疗等治疗；艾滋病组能开展PCP、马尔尼非青霉菌病、艾滋病其他机会性感染及艾滋病抗病毒治疗等，科室于2007年1月开展艾滋病抗病毒治疗，截至致2019-12-26艾滋病抗病毒治疗患者累计数为2331人，在治人数为1827人；肝病和其他感染性疾病组能开展组能开展病毒性肝炎治疗、重症肝炎肝衰竭综合治疗、肝功能异常待查、黄疸待查、败血症、发热查因、感染性休克、水痘、恙虫病、手足口病、猩红热、不明原因肺炎、中枢神经系统感染等传染病治疗，计划2019-01-01排医护人员到上级医院学习腹水回输治疗并开展。