感染科是建水县唯一指定隔离治疗法定传染病的专科。病区按照国家2003年传染性非典型性肺炎（SARS）防治标准进行设置。开放病床50张，呼吸道病房采用空气尘流过滤消毒，消化道病区采用消毒机定时自动消毒，在地州市医院属于首家科室。科室有医护人员25人。其中医生11人，包括主任医师1人，副主任医师2人，主治医师4人，住院医师2人，医疗秘书2人。护士14人，包括主管护师4人，护师8人，护士2人。