耳鼻咽喉科是红河州最早开展专科化建设的科室，是医院的特色专科之一。她孕育于1938年7月成立的建水县卫生院和1945年创办的中华基督教会建水医院，经过四代人的专科建设与发展，已经发展为州内领先、省内先进、部分领域达国内先进水平的耳鼻咽喉头颈外科。科室设有门诊及病房，实行统一管理。门诊设有普通诊室、专家诊室、内镜室、变态反应室、听功能中心、换药室、雾化室。病房拥有固定床位35张，22位专科医护人员，其中主任医师1人，副主任医师2人，主治医师4人，住院医师1人，专科护士14人。

耳专科设备：1、德国进口蔡司S88耳科手术显微镜及手术器械；2、德国蛇牌耳科手术电钻；3、丹麦纯音测听、声阻抗、耳声发射、听性脑干诱发电位、40HZ相关电位、P300、多频稳态等进口听力学检查设备；进口眩晕检查仪。鼻专科设备：1、德国进口Storz鼻内镜手术系统及手术器械；2、美国美敦力耳鼻喉动力系统。其他专科设备：等离子，德国进口Storz支撑喉镜，日本奥林巴斯电子喉镜，微波治疗仪，食道镜、气管镜、心电监护仪等先进医疗设备。

最具代表性的专科手术有：始于上世纪80年代的喉癌手术经验，是喉癌患者的福音，是全省地州中最先开展此类手术的医院；目前开展“低温等离子早期声带癌手术”项目，获得了保喉、保声、不切气管、微创、治愈率高的理想效果。精准化、个体化的慢性鼻窦炎鼻息肉治疗模式，治愈率达90%，达国内发达地区水平；鼻颅底相关手术（如脑脊液鼻漏修补术、颅底肿瘤切除与修复手术、垂体瘤手术等），达国内水平；鼻咽相关手术（如腺样体切除术，鼻咽纤维血管瘤切除术等），达国内水平。以慢性中耳炎为代表的耳显微手术达国内先进水平，其范畴含盖了小耳畸形的手术矫治、各型乳突根治及鼓室成形术，人工听骨听力重建术，面神经减压术等。鼾症手术，声带手术，小儿腺样体、扁桃体手术，分泌性中耳炎手术，甲状腺手术是科室的优势。对耳聋、眩晕的诊治有成熟的经验，特别是对突发性耳聋、位置性眩晕的诊治与国内发达地区同步。

到2007年底已经建成了具有集“显微外科、内镜外科、微创外科、功能外科”为一体的特色专科，满足了建水及周边县市人民享受高质量耳鼻咽喉头颈外科专科医疗服务的需求。科室服务忠旨是：治病救人。科室的精神是：兼容并茂，自强不息。科室的服务理念是：既重视治疗病人，又重视关心、帮助病人，更观注病人心理健康。科室文化是：和谐、奉献、严谨、创新。科室的口号是：医患携手卫健康，同享鸟语花香。