2004年成立了艾滋病病区、艾滋病治疗专家组，负责艾滋病患者抗病毒治疗方案制定和机会性感染等并发症的诊断治疗，至2007年8月，医院开设2个艾滋病病区，床位共计100张，1个艾滋病专科门诊。

该科专业技术雄厚，共有40余名专业医护人员，其中中、高级以上职称10余名。2005年医院成为中国－世界卫生组织（WHO）—瑞典国际开发署（SIDA）“艾滋病综合防治项目”对口联系单位，通过国际项目合作得到瑞典技术支持和交流。2006年医院选派蒋华宝等3名高级职称医生、护士赴瑞典传染病研究院（SMI）、卡罗琳斯卡（KAROLINSKA）大学附属医院学习艾滋病诊疗技术。与卡罗琳斯卡大学附属医院结成姊妹医院。世界卫生组织和瑞典专家先后9次、国家疾控中心和北京佑安、地坛医院先后5次来该院讲学，并亲临艾滋病科查房、指导工作。该院先后选派10名医生及5名护士先后赴北京佑安、地坛医院，上海公共卫生中心，广州市第八人民医院参加了全球基金艾滋病项目临床医师培训班学习。医院于2005年建立HIV检验初筛实验室，为了提高机会性感染的诊断水平，2007年又派出2名实验室检验人员前往瑞典进一步学习艾滋病检测技术。在瑞典专家和中国国家疾控中心专家帮助和支持下，医院开展了（国内较早、省内首家）耶氏肺孢子虫病原体、隐孢子虫病原体、结核杆菌快速培养+药敏试验等检测，提高各种机会性感染病原体检出的阳性率，提高了机会性感染的实验室诊断水平，并将在近期内建立3P实验室，完成艾滋病病毒核酸定量检测（VL）、T淋巴细胞亚群检测（CD4）。

至2010年，艾滋病病区已接诊HIV感染者/艾滋病人1000余例，治疗人次达712人次，日平均住院人次为58名。在艾滋病工作中积累了丰富的临床经验。目前对艾滋病并发耶氏肺孢子虫肺炎、脑弓形虫病、结核病、腹内淋巴结结核、非结核分枝杆菌感染、中枢神经系统感染、真菌感染（如青霉菌病、组织胞浆菌病、隐球菌）、隐孢子虫腹泻等机会性感染的诊断治疗水平在湖南省达先进水平，国内知名，机会性感染的治疗成功率已达85%，多数已在大型综合医院治疗无效的病人转诊到该科经积极抢救均能取得较好的疗效，使大多数晚期艾滋病人住院死亡率得到了控制。

科室在艾滋病抗病毒治疗也取得了良好的效果，大多数已接受抗病毒治疗的艾滋病患者都能像正常人一样地工作、学习和生活，现已增至382例艾滋病人接受抗病毒药物治疗，实现了延长生命，提高生存质量的治疗目的。2006年医院成为国家中医药治疗艾滋病项目定点单位，目前已有700多例艾滋病感染者接受国家中医药治疗，2007年医院被评为全国中医药治疗艾滋病先进单位。

医院建立了艾滋病同伴教育关爱组织－“温馨家园”，由医务人员和感染者对病人进行心理咨询，向家属宣传艾滋病的三条传播途径，日常生活接触不会传播艾滋病病毒，消除家属的恐惧心理，使艾滋病人能得到家庭和社会的关爱和支持，使病人增加了治疗信心、减少了对社会的偏激和报复心理。科室开通了热线咨询电话0734-8529075。

近几年来，艾滋病科在科研上也取得了丰硕的成果，开展20余项科研项目，如《湖南省衡阳市艾滋病病人ART治疗效果评价体系建设》、《艾滋病合并丙型肝炎患者高效联合抗逆转录病毒治疗肝脏功能评价》等，科室撰写艾滋病专科论文20余篇，并在国家和省级杂志上发表，其中10篇论文获衡阳市自然科学优秀学术论文奖。2008年9月艾滋病科编写《艾滋病相关疾病图谱》一书由湖南大学出版社正式出版公开发行。

艾滋病专科在全国范围内率先单克隆抗体检测隐孢子虫病、同时具有诊断PCP、青霉菌病、脑弓形虫病、巨细胞病毒脑炎、卡波西肉瘤等少见病的能力。

医院艾滋病工作得到了上级主管部门的高度重视，国家、省、市领导先后多次来该院艾滋病科视察、指导工作。