云南省第三人民医院肝胆胰外科是以肝胆胰脾、腹膜后疾病及腹部肿瘤的临床诊治和基础研究为特色的专科中心，是国家肝癌中心和上海东方肝胆外科医院的云南合作基地，是火箭军总医院全军肝胆胃肠研究所共建科室；是云南省医学会、云南省抗癌协会、云南医师协会和常委单位；全国ERCP学组委员单位。现设一个病区，一个ICU病房、一个内镜治疗中心。科室人才力量雄厚，现有正教授2名、副教授2名、海外研究员1名及多名技术骨干。科室围绕医院打造一流肝胆胰外科和肝胆胰及腹部疑难重症疾病诊治中心的建科目标，先后开展了各种类型肝门部胆管癌根治性切除术、各种入路的涉血管切除重建的胰十二指肠切除、肝尾状叶切除、巨大腹膜后肿瘤切除等肝胆胰外科顶级疑难手术；建立了肝脏肿瘤、胆道肿瘤胰腺肿瘤、腹膜后肿瘤、门脉高压症、复杂胆道病变、医源性胆管损伤、食管裂孔疝及胃食管反流的外科治疗、肥胖症减重手术、Ⅱ型糖尿病的外科治疗、重症胰腺炎、慢性胰腺炎等专科疾病的规范化治疗体系；微创方面双镜及三镜联合的胆总管一期缝合术已成为他们的特色治疗手段；单孔、双孔及微疤痕和隐疤腹腔镜技术逐渐成熟；3D腹腔镜下的肝脏、胰腺、单刀、脾脏及腹部其他手术已进入国内主流行列。