肿瘤专科于1969年成立，是云南省最早的以肿瘤学专业建制的科室，造就和培养了一大批具备较高学术造诣的肿瘤学专家。1992年，在此人员基础上成立了云南省肿瘤医院。近年来，随着肿瘤发病率、死亡率的攀升，多学科联合规范诊疗的需要，该院作为云南省最大的综合性医院，其在肿瘤诊疗方面的优势日趋显现。本着为肿瘤患者提供最优化和科学的医疗服务的宗旨，顺应学科发展的需要，该科于2008年3月正式成立。科室目前编制床位74张，年住院病人达3600人次，病床使用率140%，年手术量近千台，其中80%以上为腹腔镜手术及复杂疑难的3-4级手术。科室技术力量雄厚，人材结构合理，是昆明医科大学硕士研究生培养的教学基地，科室有硕士生导师1人，博士6人，硕士12人，年轻医生已经实现硕士化。

科室目前诊治疾病主要以消化道肿瘤为主，包括胃癌、结、直肠癌、胃肠道间质瘤、小肠肿瘤、腹腔及腹膜后肿瘤、肝胆胰系统良恶性肿瘤等消化道肿瘤的手术及综合治疗。科室开展的腹腔镜及开腹手术包括：腹腔镜下胃癌根治术、腹腔镜下结肠癌根治术、腹腔镜下直肠癌根治术（低位保肛、保留生殖泌尿功能的根治术、肛提肌外APR术）、结、直肠癌肝转移灶切除术、腹腔及腹膜后巨大肿瘤切除术、胰十二指肠切除术、精准肝叶切除术。同时随着学科发展和病人需求将在今后的工作中不断增加诊治肿瘤的范围。

科室在不断推进规范化手术治疗的同时，还以卫计委肿瘤诊治规范及各种肿瘤治疗指南为基础，严格根据患者的肿瘤分期、基因检测状况，为患者采取最优化的个体化治疗方案。目前科室在辅助治疗、新辅助治疗、转化性治疗及姑息治疗等方面均有成熟而规范的临床治疗路径。

目前科室主持及参与国家、省、部级科研基金资助项目10余项，近三年发表SCI论文9篇，中文核心期刊十余篇，获得省级科技进步二等奖一项及三等奖多项。科室还十分重视加强与国际国内相关领域科室的交流合作，参与多项国际国内多中心临床研究。