检查通常需要30分钟至1小时。为确保检查顺利进行，检查前通常需要给予，适量解痉药物或镇静剂，注射药物后，可能会出现一过性视物模糊，心率加快等症状，但通常会很快缓解，无需过于担心。同时为便于给药，还需建立静脉通路，并进行咽部喷雾麻醉，以减轻咽部反射。
检查时，患者通常需取俯卧位或左侧卧位，口含牙垫以防止牙或内镜受损。如需采取无痛检查，检查前还需给予适量麻醉剂。准备就绪后，医务人员会经口缓慢导入内镜，沿食管、胃逐渐向前推进，直至到达十二指肠。待明确十二指肠乳头部位后，插入专用导管并注入造影剂。在X线透视下，观察胰胆管显影情况并摄片。
如经诊断评估需进行相应治疗，医务人员还可通过内镜利用相应器械，实施十二指肠乳头括约肌切开术，球囊扩张术、取石术或碎石术，以及鼻胆管引流术，胆管内支架植入术等相应治疗。

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