一般是痛经引起，也可能是胃肠道疾病或泌尿系疾病引起。
月经是由下丘脑-垂体-卵巢轴周期性相互作用而形成，在卵巢分泌的雌激素的作用下，子宫内膜发生增生性变化，然后在月经中期排卵，排卵后子宫内膜在孕激素的作用下，转变为分泌期内膜。若排卵后未受精怀孕，黄体萎缩后子宫内膜失去激素的支持，子宫内膜脱落而月经来潮。月经第三天肚子疼痛，有可能为痛经引起，也可能是胃肠道疾病或泌尿系疾病引起，如果只是偶尔，一般不需要处理，消化系统或泌尿系统问题通常伴有胃肠不适、腹泻、尿痛等表现。
月经期注意外阴清洁，适当加强营养，规律作息；另外月经期吃热饮，注意保暖，少吃生冷可能也有一定的缓解痛经作用。若有不洁饮食、胃肠道慢性疾病或泌尿系结石病史也需排除相关疾病引起的疼痛。

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