检查过程中患者通常需取俯卧位和仰卧位，也有联合应用仰卧位和俯卧位。使患者肠腔内残留的粪便、液体或肠管内气体再分布，也有利于萎陷肠管的复张，从而区分肠腔内容物和病变，提高敏感度，减低假阳性、假阴性。
部分患者根据需要可能还需要进行体位固定或保持特定体位，准备就绪后，医务人员会首先经肛门注入适量医用二氧化碳气体，随后分别取俯卧位和仰卧位进行扫描。
为确保检查结果准确有效，检查过程中可能还需要注射造影剂，并遵从医务人员指导屏住呼吸20-30秒。

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