去除灰指甲，可以先由医生通过镜检和培养，明确致病菌的类型，再进行长期的杀菌抗菌治疗。最终清除引起灰指甲的致病真菌，达到治疗目的。
目前临床较常用的方法有局部治疗、系统治疗及相互配合的联合疗法。局部治疗是通过使用外用药，对患处进行杀菌抗炎，同时防止真菌进一步繁殖感染。临床上常用的是复方聚维酮碘搽剂。其中聚维酮碘所释放的碘具有杀菌作用，而阿司匹林分解后产生的水杨酸具有消炎、镇痛的作用。
系统治疗是使用抗真菌口服药，如特比萘芬、伊曲康唑、氟康唑等。联合治疗通常采用口服药配合外用药联合进行，症状较为严重时建议采用。

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