灰指甲通常以药物治疗为主。患者应在医生指导下，结合自身情况选择合适的药物治疗。
临床上可以选用局部外用药或内服药物进行治疗，局部外用药常用复方聚维酮碘搽剂，能有效杀灭致病真菌，抑制真菌的繁殖和再生。如果病情较为严重，可以通过口服抗真菌药联合外用抗真菌药进行治疗，如特比萘芬、伊曲康唑等。
同时，患者在治疗期间需要养成良好的生活习惯，保持灰指甲部位清洁，避免患处受伤，足部有灰指甲要尽量穿干燥透气性好的鞋，不要与其他人共用生活用品，防止交叉感染等。

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