由于个体差异比较大，用药不存在绝对的最好或最有效。应该在医生的指导下结合患病情况选择合适的药物。
治疗灰指甲临床以抗真菌药物为主，常采用外用及内服的方法进行治疗。常用的局部外用药有复方聚维酮碘搽剂，能有效杀灭致病真菌，抑制真菌的繁殖和再生。常用的口服抗真菌药有特比萘芬、伊曲康唑等，可以起到抗真菌的作用。如果病情比较严重，也可以口服抗真菌药联合外用抗真菌药治疗。
灰指甲患者应长期坚持治疗。同时在治疗期间避免使用碱性的肥皂清洗患处，不涂指甲油，保持指（趾）甲的正常生长，不与其他人共用生活用品。

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