男性的生殖器疱疹和梅毒，在病因和临床表现上都有显著不同。
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒感染引起，主要通过一些不洁的性行为、性接触传染。典型表现是在外生殖器或肛周出现一些群集性的水泡，会有轻度疼痛，灼热感或烧灼感。病程1~2周左右会自行痊愈，但以后可以反复发作。
梅毒是由梅毒螺旋体感染引起。梅毒螺旋体感染人体后，可以进入到血液播散到全身的皮肤粘膜和内脏器官。早期表现为局部的硬下疳表现，即出现硬结、溃疡，不痛不痒。
梅毒皮损要和生殖器疱疹的皮损相鉴别。硬下疳以单发为主，也可以出现多发的损害，局部主要以溃疡的皮损为主，而且有软骨样硬度，不痛不痒；生殖器疱疹皮损往往是局部首先有水泡，然后很快破溃形成小的糜烂面，多发，会痛、痒。

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