不能随医生的意图控制方向，如果一般的胃镜，某个细微的地方看不清楚或者有疑似病变，可以耐心的慢慢找。但是胶囊内镜是不受控制的，在它进入食道和胃的过程中会不断拍照，某些角落有可能会遗漏，所以说胶囊内镜没有常规胃镜看的清楚、细致。
如检查前肠道准备不充分，有粪便残留或伴有严重功能障碍，或在检查过程中出现技术问题等，都有可能会因无法获取充足的影像信息而导致检查失败，需另行其他检查予以诊断肠梗阻，极少数患者可能会因胶囊滞留导致肠梗阻而需要手术治疗。

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