同仁堂再造丸和华佗再造丸从组方、功效、主治等方面都有所区别。
在组方方面，同仁堂再造丸是由蕲蛇、地龙、僵蚕、全蝎、天麻等共58味中药材制成，全方动物药为主，矿、植物为辅，该方药由多方糅合。而华佗再造丸全方为植物药，其主要成分是川芎、吴茱萸、冰片、马钱子等，相对来说，方药较为单一，且马钱子为毒性药材，患者应该严格遵医嘱进行使用。
至于功效和主治方面，两方均能够化痰通络，治疗中风病引起的诸症。但华佗再造丸偏重于活血化瘀，具有活血化瘀，化痰通络，行气止痛的功效，主要治疗表现为半身不遂、手足麻木、肢体抽搐、口眼歪斜、言语不清等的痰瘀阻络之中风恢复期和后遗症。而同仁堂再造丸则是方中有方，其中包含了经典的四物汤、四君子汤、十全大补汤等，具有祛风化痰，活血通络的作用，虚证、实证都能治疗，可用于表现为半身不遂、口舌歪斜、手足麻木、疼痛、肢体屈伸不利、言语不清、说不出话等的风痰阻络所致的中风。

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