引起灰指甲的基本原因是真菌感染，但还有甲外伤、不良卫生习惯等其他因素均可能诱发灰指甲。
灰指甲是甲真菌病的一种，真菌感染是其主要原因，当周围皮肤被真菌侵害后，真菌通过脚趾甲及手指甲的生长会进入到甲板下进一步繁殖对整个甲板造成破坏。甲受到外伤时，受伤部位会出现破损、淤血，较容易被真菌感染，引起灰指甲。另外，不良的卫生习惯例如穿了不透气的鞋子后，脚出汗、潮湿并没有及时清洗，与患有手足癣的人共用毛巾、拖鞋等私人物品，这些情况也会导致患上灰指甲。
灰指甲患者如果在患病早期使用正确方式治疗是能够抑制疾病发展的，例如外用抗真菌药物，如，它能软化病变部位角质，使药物快速渗透到患处，有效杀灭致病真菌，抑制真菌的繁殖和再生。症状严重的患者还可以配合口服抗真菌药联合外用抗真菌药进行综合治疗，效果会更佳，常用口服抗真菌药有特比萘芬、伊曲康唑等。

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