上消化道超声内镜通常患者取左侧卧位，双下肢微曲，解开衣领，放松腰带，头稍后仰。
医务人员会经口缓慢导入内镜，然后利用内镜前端的超声探头探查明确病变部位并拍摄图像，可以根据患者情况选择直接接触法、水囊法等方法对消化道各器官及邻近组织进行扫描检查，必要时还可在超声引导下用细针穿刺病变部位，采集少量细胞或组织标本进行病理检查。经组织染色后在显微镜下进行观察，检查结果通常会在下次复诊时被告知。
检查后注意事项，检查后通常需在观察室内适当休息，经观察无异常后即可离院。

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