超声内镜可以对上消化道疾病进行起源和初步定性诊断，并且对肿瘤治疗方案的选择具有重要的指导意义。
上消化道超声内镜检查不仅可用于诊断食管、胃、十二指肠、胰腺、胆管、胆囊等上消化道及及其邻近器官疾病。还可以用于评估消化道病变的浸润深度及范围，为内镜介入治疗或手术治疗等治疗方法的选择提供重要参考依据。但其与病理学诊断结果相比，超声内镜诊断的准确性还有待进一步提高。
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