检查时需首先进行肛门指诊，确认肛管和直肠末端无异常后，医务人员会缓慢经肛门导入内镜。沿直肠与结肠逐渐向内推进，直至到达盲肠末端，随后缓慢回撤，内镜仔细观察大肠内部黏膜状态，如发现异常，可直接留取影像，并采集少量组织进行病理检查，检查结果大约会在一周后被告知。
检查过程中。如果发现体积较小的息肉，可直接在内镜下切除。如息肉较大或怀疑有癌变倾向或怀疑在切除过程中，可能会发生出血、肠穿孔等并发症，则需先钳取部分息肉组织进行病理检查，随后再根据检查结果确定是否需要进行内镜治疗或手术治疗。

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