磁共振胰胆管成像造影的空间分辨力不如ERCP，重建后的图像容易掩盖小病变。根据信号无法区别胆道内气体、血块及结石，对炎性病变诊断特异性差。
不愿或无法进行磁共振胰胆管成像检查者可酌情考虑选择内镜逆行胰胆管造影检查或经皮经肝胆管造影检查，医务人员会综合考虑患者病情选择最适宜的检查方法。
此外，如磁共振胰胆管成像检查发现异常，需要进行活组织检查、取石术、支架植入术或需要进行进一步检查以明确诊断。通常在磁共振胰胆管成像检查后可能还需进行内镜逆行胰胆管造影检查或经皮经肝胆管造影等。

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